জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ এমএএমপি-উত্পাদিত প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়ার শক্তি এবং জরির পাতার স্পট লক্ষ্য করার প্রতিরোধের

উদ্ভিদ এবং প্যাথোজেন উপকরণ

সোরঘাম অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং জনসংখ্যা যা সর্গাম কনভার্সন পপুলেশন (SCP) নামে পরিচিত, ডঃ প্যাট ব্রাউন ইলিনয় বিশ্ববিদ্যালয়ের (বর্তমানে ইউসি ডেভিসে) প্রদান করেছিলেন।এটি পূর্বে বর্ণনা করা হয়েছে এবং মার্কিন পরিবেশে উদ্ভিদের বৃদ্ধি এবং বিকাশের সুবিধার্থে ফটোপিরিয়ড-সংবেদনশীলতা এবং ছোট আকারে রূপান্তরিত বিভিন্ন লাইনের একটি সংগ্রহ।এই জনসংখ্যার 510 টি লাইন এই গবেষণায় ব্যবহার করা হয়েছিল যদিও খারাপ অঙ্কুরোদগম এবং অন্যান্য মান নিয়ন্ত্রণের সমস্যার কারণে, তিনটি বৈশিষ্ট্যের বিশ্লেষণে সমস্ত লাইন ব্যবহার করা হয়নি।শেষ পর্যন্ত 345 লাইনের ডেটা চিটিন প্রতিক্রিয়া বিশ্লেষণের জন্য, 472 লাইন flg22 প্রতিক্রিয়ার জন্য এবং 456 টিএলএস প্রতিরোধের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।বি. কুকিআরকানসাস বিশ্ববিদ্যালয়ের ডাঃ বার্ট ব্লুহমের কাছ থেকে স্ট্রেন LSLP18 প্রাপ্ত হয়েছিল।

MAMP প্রতিক্রিয়া পরিমাপ

এই গবেষণায় flg22, (জেনস্ক্রিপ্ট ক্যাটালগ# RP19986), এবং চিটিন দুটি ভিন্ন MAMP ব্যবহার করা হয়েছিল।গ্রিনহাউসে মাটি ভরা ফ্ল্যাটে (৩৩% সানশাইন রেডি-আর্থ প্রো গ্রোয়িং মিক্স) সন্নিবেশিত করে জরগাছ জন্মানো হয়েছিল।সংগ্রহের দিনে পাতার অতিরিক্ত আর্দ্রতা এড়াতে নমুনা সংগ্রহের আগের দিন গাছগুলিতে জল দেওয়া হয়েছিল।

লাইনগুলি এলোমেলো করা হয়েছিল এবং, যৌক্তিক কারণে, 60 টি লাইনের ব্যাচে লাগানো হয়েছিল।প্রতিটি লাইনের জন্য, প্রতি লাইনে দুটি বীজ দিয়ে তিনটি 'পাত্র' রোপণ করা হয়েছিল।পরবর্তী ব্যাচগুলি পুরো জনসংখ্যার মূল্যায়ন না হওয়া পর্যন্ত পূর্ববর্তী ব্যাচ প্রক্রিয়াকরণের সাথে সাথে রোপণ করা হয়েছিল।দুটি পরীক্ষামূলক রান উভয় এমএএমপির জন্য দুটি রানের প্রতিটিতে পুনরায় এলোমেলোভাবে জিনোটাইপ সহ পরিচালিত হয়েছিল।

পূর্বে বর্ণিত হিসাবে ROS অ্যাসেস করা হয়েছিল।সংক্ষেপে, প্রতিটি লাইনের জন্য, 3টি ভিন্ন পাত্রে ছয়টি বীজ রোপণ করা হয়েছিল।ফলস্বরূপ চারা থেকে, তিনটি অভিন্নতার ভিত্তিতে নির্বাচন করা হয়েছিল।যে চারাগুলি অস্বাভাবিক দেখায় বা সংখ্যাগরিষ্ঠের চেয়ে উল্লেখযোগ্যভাবে লম্বা বা খাটো ছিল সেগুলি ব্যবহার করা হয়নি।3 মিমি ব্যাসের চারটি পাতার চাকতি তিনটি ভিন্ন 15-দিনের পুরানো সোর্ঘাম গাছের 4র্থ পাতার বিস্তৃত অংশ থেকে বের করা হয়েছে।দুটি গাছ থেকে প্রতি পাতায় একটি চাকতি এবং একটি উদ্ভিদ থেকে দুটি চাকতি, দ্বিতীয় চাকতিটি জল নিয়ন্ত্রণে পরিণত হয় (নীচে দেখুন)।ডিস্কগুলি পৃথকভাবে একটি কালো 96-ওয়েল প্লেটে 50 μl H20 এ ভাসানো হয়েছিল, আলোর সংস্পর্শ এড়াতে একটি অ্যালুমিনিয়াম সিল দিয়ে সিল করা হয়েছিল এবং সারারাত ঘরের তাপমাত্রায় রাখা হয়েছিল।পরের দিন সকালে 2 mg/ml কেমিলুমিনেসেন্ট প্রোব L-012 (Wako, catalog # 120-04891), 2 mg/ml হর্সরাডিশ পারক্সিডেস (টাইপ VI-A, সিগমা-অলড্রিচ, ক্যাটালগ # P6782) ব্যবহার করে একটি প্রতিক্রিয়া সমাধান তৈরি করা হয়েছিল। 100 mg/ml Chitin বা Flg22 এর 2 μM।এই প্রতিক্রিয়া সমাধানের 50 μl চারটি কূপের তিনটিতে যোগ করা হয়েছিল।চতুর্থ কূপটি একটি উপহাস নিয়ন্ত্রণ ছিল, যেখানে MAMP ব্যতীত প্রতিক্রিয়া সমাধান যোগ করা হয়েছিল।প্রতিটি থালায় চারটি ফাঁকা কূপও অন্তর্ভুক্ত ছিল যেখানে কেবল জল রয়েছে।

প্রতিক্রিয়া সমাধান যোগ করার পরে, 1 ঘন্টার জন্য প্রতি 2 মিনিটে SynergyTM 2 মাল্টি-ডিটেকশন মাইক্রোপ্লেট রিডার (বায়োটেক) ব্যবহার করে লুমিনেসেন্স পরিমাপ করা হয়েছিল।প্লেট রিডার এই 1 ঘন্টার মধ্যে প্রতি 2 মিনিটে লুমিনেসেন্স পরিমাপ করে।প্রতিটি কূপের মান দেওয়ার জন্য সমস্ত 31 টি পড়ার যোগফল গণনা করা হয়েছিল।প্রতিটি জিনোটাইপের জন্য MAMP প্রতিক্রিয়ার জন্য আনুমানিক মান হিসাবে গণনা করা হয়েছিল (তিনটি পরীক্ষামূলক কূপের গড় লুমিনেসেন্স মান - মক ওয়েল মান) - গড় ফাঁকা ভাল মান বিয়োগ৷ফাঁকা কূপের মান ধারাবাহিকভাবে শূন্যের কাছাকাছি ছিল।

এর পাতার চাকতিনিকোটিয়ানা বেন্থামিয়ানা, একটি উচ্চ প্রতিক্রিয়াশীল সর্গাম লাইন (SC0003), এবং একটি নিম্ন প্রতিক্রিয়াশীল সর্গাম লাইন (PI 6069) মান নিয়ন্ত্রণের উদ্দেশ্যে প্রতিটি 96-ওয়েল প্লেটে নিয়ন্ত্রণ হিসাবে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছিল।

বি. কুকিইনোকুলাম প্রস্তুতি এবং ইনোকুলেশন

বি. কুকিইনোকুলাম পূর্বে বর্ণিত হিসাবে প্রস্তুত করা হয়েছিল।সংক্ষেপে, জোয়ারের দানা তিন দিন জলে ভিজিয়ে রাখা হয়েছিল, ধুয়ে ফেলা হয়েছিল, 1L শঙ্কুযুক্ত ফ্লাস্কে স্কুপ করা হয়েছিল এবং 15psi এবং 121 °C তাপমাত্রায় এক ঘন্টার জন্য অটোক্লেভ করা হয়েছিল।তারপর শস্যগুলিকে একটি তাজা সংস্কৃতি থেকে প্রায় 5 মিলি ম্যাসেরেটেড মাইসেলিয়া দিয়ে টিকা দেওয়া হয়েছিল।বি. কুকিLSLP18 বিচ্ছিন্ন করে এবং ঘরের তাপমাত্রায় 2 সপ্তাহের জন্য রেখে দেয়, প্রতি 3 দিনে ফ্লাস্কগুলি নাড়ায়।2 সপ্তাহ পর, ছত্রাক আক্রান্ত সোর্ঘাম দানা বাতাসে শুকানো হয় এবং তারপর ক্ষেতে টিকা না দেওয়া পর্যন্ত 4 ডিগ্রি সেলসিয়াস তাপমাত্রায় সংরক্ষণ করা হয়।পুরো ট্রায়ালের জন্য একই ইনোকুলাম ব্যবহার করা হয়েছিল এবং প্রতি বছর তাজা করা হয়েছিল।ইনোকুলেশনের জন্য, 6-10টি সংক্রমিত দানা 4-5 সপ্তাহ বয়সী জরা গাছের ভোর্লে স্থাপন করা হয়েছিল।এই ছত্রাক থেকে উৎপন্ন স্পোরগুলো এক সপ্তাহের মধ্যে অল্প বয়স্ক জোয়ার গাছে সংক্রমণ শুরু করে।

বীজ প্রস্তুতি

জমিতে রোপণের আগে সোরগামের বীজকে একটি ছত্রাকনাশক, কীটনাশক এবং নিরাপদ মিশ্রণ দিয়ে শোধন করা হয় যাতে ~ 1% Spirato 480 FS ছত্রাকনাশক, 4% Sebring 480 FS ছত্রাকনাশক, 3% Sorpro 940 ES বীজ নিরাপদ।তারপরে বীজগুলিকে 3 দিনের জন্য বাতাসে শুকানো হয় যা বীজের চারপাশে এই মিশ্রণের একটি পাতলা আবরণ প্রদান করে।সেফনারটি প্রাক-উত্থান চিকিত্সা হিসাবে ভেষজনাশক ডুয়াল ম্যাগনাম ব্যবহারের অনুমতি দেয়।

টার্গেট লিফ স্পট প্রতিরোধের মূল্যায়ন

14-15 জুন 2017 এবং জুন 20, 2018-এ ক্লেটন, NC-তে কেন্দ্রীয় শস্য গবেষণা কেন্দ্রে SCP রোপণ করা হয়েছিল প্রতিটি ক্ষেত্রে দুটি পরীক্ষামূলক প্রতিলিপি সহ একটি এলোমেলোভাবে সম্পূর্ণ ব্লক ডিজাইনে।পরীক্ষাগুলি প্রতি প্লটে 10টি বীজ ব্যবহার করে 0.9 মিটার সারির প্রস্থ সহ 1.8 মিটার একক সারিতে রোপণ করা হয়েছিল।প্রান্তের প্রভাব রোধ করতে প্রতিটি পরীক্ষার পরিধির চারপাশে দুটি সীমানা সারি লাগানো হয়েছিল।পরীক্ষাগুলি 20 জুলাই, 2017 এবং 20 জুলাই, 2018-এ টিকা দেওয়া হয়েছিল যে সময়ে জোয়ারের গাছগুলি বৃদ্ধির 3 স্তরে ছিল৷ রেটিংগুলি এক থেকে নয়টি স্কেলে নেওয়া হয়েছিল, যেখানে রোগের কোনও লক্ষণ দেখায় না এমন গাছগুলিকে নয় হিসাবে স্কোর করা হয়েছিল এবং সম্পূর্ণরূপে মৃত গাছপালা এক হিসাবে স্কোর করা হয়েছে.2017 সালে দুটি রেটিং নেওয়া হয়েছিল এবং 2018 সালে চারটি রিডিং প্রতি বছর টিকা দেওয়ার দুই সপ্তাহ পরে শুরু হয়েছিল।sAUDPC (রোগের অগ্রগতি বক্ররেখার অধীনে প্রমিত এলাকা) পূর্বে বর্ণিত হিসাবে গণনা করা হয়েছিল।